古巴生态系统丰富多样，有上万个特有的物种。137种鸟类中具代表性的有秃鹰、蜂鸟、火烈鸟、野生火鸡、金刚鹦鹉和雀科鸣禽。105种爬行动物均无毒，包括古巴彩龟、美洲鳄和特有种古巴鳄。鱼类和甲壳动物中，珊瑚礁鱼类、陆地蟹、鲨鱼、鲷鱼和金枪鱼的种群数量相当丰富。主要湿地有6块，面积约为118.84万hm²（国际重要湿地名录，2008）。